La dimensión de Desarrollo Rural de la investigación agroecológica se centra en generar procesos de sustentabilidad a escala de sociedad local a partir de los recursos agropecuarios, desde una perspectiva integral y holística; proceso que hemos denominado Transición Agroecológica. En sociedades postindustriales, como la europea, los aspectos empíricos se han desarrollado tan solo en situaciones de avanzado desarrollo de la Transición Agroecológica, y existe una carencia de investigación empírica en situaciones con peores oportunidades de partida. Para cubrir este hueco en el desarrollo empírico de la investigación agroecológica se ha puesto en marcha un estudio de caso en Morata de Tajuña, un municipio de 6.700 habitantes situado a 35 km de Madrid, muy afectado por los procesos socioeconómicos ligados a dicha área metropolitana, y con escaso peso de la actividad agraria. Los principales cultivos son el olivar, el ajo y la hortaliza, con escaso desarrollo de la Agroecología.